1)მცირე მოლეკულის პეპტიდიმარტივია შთანთქმის და არ აქვს ანტიგენურობა

2) მცირე მოლეკულის პეპტიდებს აქვთ ძლიერი ბიოლოგიური მოქმედება და მოქმედების ფართო სპექტრი

3) მცირე მოლეკულის პეპტიდების სტრუქტურა მარტივია მოდიფიცირება და რეკომბინაცია

4) მცირე მოლეკულის პეპტიდები არ იწვევს გადაკეთებას

5) მცირე მოლეკულური პეპტიდების შეწოვა და მეტაბოლიზმის სიჩქარე უფრო სწრაფია, ვიდრე თავისუფალი ამინომჟავები

6) მცირე მოლეკულის პეპტიდებისა და ამინომჟავების შთანთქმის მექანიზმი სრულიად განსხვავებულია

7) ადამიანის სხეულს შეუძლია შეიწოვოს და გამოიყენოს უფრო მეტი სახის მცირე პეპტიდები, ვიდრე ამინომჟავები

8) მცირე მოლეკულის პეპტიდებს აქვთ ფიზიოლოგიური ფუნქციები ამინომჟავებისთვის შეუდარებელი